Atins é abençoada com duas estações principais: inverno e verão. No inverno, as temperaturas costumam baixar até 24 °C, com grande possibilidade de chuvas fortes no final do dia. A estação chuvosa geralmente começa em meados de janeiro e vai até junho. Abril e maio geralmente têm as chuvas mais fortes do ano. Durante esses meses, as lagoas entre as dunas dos Lençóis Maranhenses ficam cheias. As áreas mais baixas Atins, incluindo algumas trilhas até a vila e nas fronteiras, podem ser removidas e grandes áreas alagadas se formam e bloqueiam as passagens. É nessa época que Atins se torna uma ilha de fato, acessível apenas de barco.

Quando chega o verão, em junho/julho, ventos costeiros de 15 a 30 nós varrem a região. Você pode esperar altas temperaturas, de 30 a 35 °C de junho até o final de janeiro. A melhor época para visitar o Parque Nacional, as dunas e as lagoas dos Lençóis Maranhenses é entre junho e setembro. Se você estiver indo para Atins para praticar kitesurf, você vai encontrar ventos adequados de julho a janeiro. Entretanto, os ventos mais fortes prevalecem de outubro a meados de dezembro. É nessa época que a ação rola a todo vapor na região!